Juan José de los Reyes Martínez Amaro decidió unirse a las filas insurgentes, donde conoció a Miguel Hidalgo, con quien participó en la toma de la Alhóndiga de Granaditas, edificación en la que se almacenaban granos para el tiempo de escasez (desde su construcción, se diseñó y funcionó como granero, no como fortaleza[cita requerida]). Todos los embates insurgentes contra la alhóndiga resultaron inútiles, hasta que Hidalgo y los jefes insurgentes opinaron que sólo podría tomarse la alhóndiga si se quemaba su puerta principal, por la cual podrían pasar los asaltantes. Juan José de los Reyes Martínez arengaba a algunos soldados y, según se cuenta, Hidalgo lo llamó y le habló de la necesidad de quemar la puerta.4 El Pípila dijo que él lo haría, se cubrió la espalda con una losa y tomando una antorcha encendida de las que usaban los mineros en los túneles y un puñado de varas de ocote, se dirigió a la puerta entre una lluvia de balas, le prendió fuego, y esperó casi siete minutos para que la gran puerta cediera.5 Así pudo tomarse la Alhóndiga, la guarnición realista y los refugiados españoles en ella fueron masacrados, y asesinaron incluso a mujeres y niños, excepto el intendente Riaño, que había caído en el combate, pese a que intentó, con bandera blanca, rendir la posición, pero no fue respetada esta acción y murió en dicho acto como consecuencia de los disparos de los rebeldes o insurgentes. Aunque efectivamente había españoles en la Nueva España, la gran mayoría de sus habitantes eran o bien criollos o nativos; quienes defendieron la Alhóndiga eran naturales de la Nueva España en su gran mayoría, al igual que Miguel Hidalgo.[

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